절대미각, 빠른 손놀림, 끓어 넘치는 열정의 소유자 ‘레미’. 프랑스 최고의 요리사를 꿈꾸는 그에게 단 한가지 약점이 있었으니, 바로 주방 퇴치대상 1호인 ‘생쥐’라는 것! 그러던 어느 날, 하수구에서 길을 잃은 레미는 운명처럼 파리의 별 다섯개짜리 최고급 레스토랑에 떨어진다. 그러나 생쥐의 신분으로 주방이란 그저 그림의 떡. 보글거리는 수프, 둑닥둑닥 도마소리, 향긋한 허브 내음에 식욕이 아닌 ‘요리욕’이 북받친 레미의 작은 심장은 콩닥콩닥 뛰기 시작하는데! 쥐면 쥐답게 쓰레기나 먹고 살라는 가족들의 핀잔에도 굴하지 않고 끝내 주방으로 들어가는 레미. 깜깜한 어둠 속에서 요리에 열중하다 재능 없는 견습생 ‘링귀니’에게 ‘딱’ 걸리고 만다. 하지만 해고위기에 처해있던 링귀니는 레미의 재능을 한눈에 알아보고 의기투합을 제안하는데. 과연 궁지에 몰린 둘은 환상적인 요리 실력을 발휘할 수 있을 것인가? 레니와 링귀니의 좌충우돌 공생공사 프로젝트가 아름다운 파리를 배경으로 이제 곧 펼쳐진다!

개미 왕국의 발명가 플릭은 실수로 메뚜기 호퍼 일당에게 바칠 식량을 모두 잃어버리고 사태를 악화시킵니다. 이에 아타 공주는 플릭을 밖으로 보내는데, 플릭은 서커스 단원들을 용감한 전사 벌레로 오해하고 왕국으로 데려옵니다.
전사가 아닌 서커스 단원이라는 사실을 숨긴 채, 플릭은 메뚜기들의 천적인 '가짜 새'를 만들어 왕국을 지키려 합니다. 하지만 서커스 단장의 등장으로 정체가 탄로 나며 개미 왕국은 다시 실의에 빠지고, 호퍼 일당이 찾아와 행패를 부리기 시작합니다.
호퍼가 여왕을 해치려 한다는 사실을 안 꼬마 공주 도트의 설득으로, 플릭과 서커스 단원들은 다시 용기를 내어 가짜 새 작전을 펼칩니다. 비록 작전은 실패하고 플릭이 호퍼에게 폭행당하지만, 끝까지 굴하지 않고 호퍼의 음모를 폭로하는 플릭의 모습에 개미들은 용기를 얻어 일제히 메뚜기 떼에게 맞서 싸워 승리합니다.